•2018年擴展同工團隊規模，本堂會友辜創霖傳道，同年6月於建道神學院畢業並出任教牧同工；而自2006年加入教牧團隊的前堂主任陳尹群歡師母，於同年年尾正式退休，13年來一直盡心事奉，竭誠為主。
•2019年重組培訓事工，訂立三級門訓 (初中、高中及大專)及主日培訓系統。
•2020年本堂與ACM(香港基督徒音樂事工)合作，建立第四個兒童詩班訓練點，向區內4-10歲兒童提供詩班訓練及靈性培育， •並提供家庭培育小組，支持家庭牧養事工。
•2021年本堂按立周瑞騰傳道為牧師，繼續主責學校福音工作及本堂青少年工作。
•2021年本堂進入區內真道書院，參與小五團契及家長團契的福音工作。
•2023年本堂於將軍澳村33號建立「TKO33」，作為本堂的辦事處、小組聚會點及社區福音站。

•2007年1月教會自立，名字由「將軍澳主恩堂」改為「將軍澳主恩靈糧堂」(弟兄姊妹依舊以「主恩堂」為教會稱呼，母堂於首兩年於經濟上作支持。
•2008年牧養相交系統由「大組團契」轉為「主日小組模式」，在主日崇拜後舉行。
•2009年成立「青少年發展議會」，整合及統籌教會青少年牧養發展與主恩中學福音工作。
•2014年執事會改組，執事會主席於自立時，由教牧同工改為平信徒執事出任，讓教牧同工專注於牧養工作。
•2014年將主日小組模式改組為「分齡牧養」，由教牧同工出任區牧，更聚焦於各年齡層的信仰需要。
•2016年7月按立王漢志傳道為本堂第一位牧師，並出任本堂的主任牧師。

•因著傳道同工轉換頻繁及母堂蔡永生牧師，因病未能作領導牧養，教會發展停滯不前。
•馮振聲傳道於1999年上任，致力牧養學生及福音工作，並於2002年被辦學團體邀請成為主恩中學的「校牧」，至今唯一一位有此稱謂的教牧同工；
•2000年實行「部門部長制」，有助教會牧養分工清晰及系統。
•2004年至2005年期間並無全職教牧在任，教會發展再次停滯不前。
•陳光偉牧師卡2005年上任，並於2006年將原來的三個青年團契合併為「青少年崇拜」。
•2006年成立「分堂發展小組」，探討教會自立方向及計劃。

•1988年7月24日下午2時，於迦密主恩中學音樂室開始第一次主日崇拜，並聘請霍炳銳傳道於9月新學年，開展主恩中學福音事工。1989年1月主日崇拜轉至上午10時30分舉行。
•90年代初，初中提摩太團、高中保羅團及大專彼得團相繼成立，與主恩老師合作學生福音事工。
•1995年，原主恩中學老師兼母堂會友朱偉東傳道，於建道神學院畢業並回到教會作教牧同工，學生福音事工大有增長。