•2007年1月教會自立，名字由「將軍澳主恩堂」改為「將軍澳主恩靈糧堂」(弟兄姊妹依舊以「主恩堂」為教會稱呼，母堂於首兩年於經濟上作支持。
•2008年牧養相交系統由「大組團契」轉為「主日小組模式」，在主日崇拜後舉行。
•2009年成立「青少年發展議會」，整合及統籌教會青少年牧養發展與主恩中學福音工作。
•2014年執事會改組，執事會主席於自立時，由教牧同工改為平信徒執事出任，讓教牧同工專注於牧養工作。
•2014年將主日小組模式改組為「分齡牧養」，由教牧同工出任區牧，更聚焦於各年齡層的信仰需要。
•2016年7月按立王漢志傳道為本堂第一位牧師，並出任本堂的主任牧師。